De estilo colonial, a Matriz foi construída com estrutura em madeira e paredes frontais em pau-a-pique, características arquitetônicas típicas da época. Seu acervo artístico e religioso é composto por peças de grande valor histórico, incluindo mobiliário e imagens sacras do século XIX, como as de Nossa Senhora da Conceição e de Nossa Senhora do Rosário, que até hoje ornamentam os altares da igreja e preservam a memória cultural do período.

Inaugurada em 31 de maio de 1844 e administrada pela Irmandade de Nossa Senhora da Conceição, a Igreja Matriz consolidou-se como um dos mais importantes marcos arquitetônicos e religiosos de Paty do Alferes, representando de forma expressiva o contexto histórico, social e cultural que marcou a formação do município.

Por iniciativa de um de seus párocos mais atuantes, Frei Aurélio Stulzer, foram iniciadas, em 1943, as obras de reforma e restauração para a comemoração do centenário da Matriz. As intervenções, concluídas em 1944, enriqueceram ainda mais o acervo da igreja com a incorporação da imagem de Nossa Senhora da Piedade, datada do século XVIII, padroeira da Fazenda de mesmo nome, que pertenceu a Francisco Peixoto de Lacerda Werneck, o Barão de Paty do Alferes. Nesse mesmo período, foram inauguradas a Praça da Matriz e a Galeria dos Fundadores, ampliando o valor histórico e cultural do conjunto.

Sob orientação franciscana desde 1937, a Igreja Matriz foi tombada, em 1973, pelo Instituto do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional (IPHAN), reconhecimento que ultrapassa os limites municipais e reforça sua importância para a história e o patrimônio cultural do Brasil.

A Matriz abriga ainda o Espaço Cultural Frei Aurélio Stulzer, destinado à preservação da memória religiosa e histórica do templo, aberto à visitação aos sábados e domingos, das 16h às 17h30.